Universitas Mulawarman merupakan universitas tertua di Kalimantan Timur yang berdiri pada tanggal 27 September 1962, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Ilmu Pengetahuan No. 130 Tahun 1962. Pendirian universitas ini bermula dari keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Kalimantan Timur No. 15/PPK/KDH/1962 tanggal 7 Juni 1962 yang mendirikan Perguruan Tinggi Mulawarman di Samarinda, kemudian dikukuhkan secara resmi berdasarkan Surat Keputusan Presiden RI No. 65 tanggal 23 April 1963. ​

Nama Mulawarman diambil dari Raja Mulawarman Nala Dewa dari Kerajaan Kutai di abad ke-4, kerajaan pertama di Indonesia yang tercatat dalam sejarah. Pada awalnya universitas memiliki 4 fakultas yaitu Ketatanegaraan dan Ketataniagaan, Fakultas Pertanian, Fakultas Kehutanan, dan Fakultas Pertambangan, yang mencerminkan fokus awal pada pengembangan sumber daya alam Kalimantan Timur.

Pendidikan di bidang keteknikan dimulai sejak awal berdirinya Universitas Mulawarman dengan adanya Fakultas Pertambangan berdasarkan SK Presiden RI No. 65 tanggal 23 April 1963, namun kemudian ditutup karena permasalahan koordinasi dan sumber daya. Upaya pengembangan pendidikan teknik dimulai kembali pada tahun 90-an dengan dibukanya Program Studi Diploma 3 Teknik Pertambangan berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 147/DIKTI/Kep/1999.

Berdasarkan SK DIKTI Nomor 1192/D/T/2003 tertanggal 10 Juni 2003, dibukalah Program Studi S1 Teknik Sipil, Teknik Industri, dan Teknik Pertambangan, diikuti dengan terbentuknya Unit Pelaksana Fakultas Teknik melalui SK Rektor UNMUL Nomor 215/PP/2003. Program Studi Teknik Lingkungan kemudian dibuka pada tahun 2004 berdasarkan SK DIKTI Nomor 2051/D/T/2004.

Perjalanan pendidikan informatika di Universitas Mulawarman dimulai dengan Program Studi Ilmu Komputer yang beroperasi pada tahun 2002 sebagai konsentrasi dari program studi Statistika, kemudian resmi berdiri sendiri pada tanggal 21 September 2004 berdasarkan SK Menteri Pendidikan Nasional RI No. 3806/D/T/2004. Program Studi Teknik Informatika kemudian berdiri pada tanggal 25 Maret 2010 berdasarkan SK Menteri Pendidikan Nasional RI No. 28/D/O/2010.

Berdasarkan Permenristekdikti RI No. 57/M/KPT/2019 dan penyesuaian nomenklatur, Program Studi Informatika UNMUL disetujui dalam Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor 527/M/2020 tanggal 8 Mei 2020. Pada Tahun 2020, Program Studi Informatika bergabung ke Fakultas Teknik Universitas Mulawarman berdasarkan SK Rektor No. 1 Tahun 2020. Informatika pada Tahun 2025 telah memperoleh Akreditasi “Unggul.

Pengembangan Program Studi Magister Informatika merupakan kelanjutan logis dari perkembangan program sarjana di bidang informatika yang telah terakreditasi dengan baik dan memiliki basis akademik yang solid. Program ini dikembangkan dengan visi mengintegrasikan keunggulan teknologi informasi dengan kearifan pengelolaan sumber daya alam Kalimantan Timur, sejalan dengan Pola Ilmiah Pokok "Hutan Tropis Lembab dan Lingkungannya".

Pengembangan program magister ini mengusung konsep "Smart Forest Technology" sebagai diferensiasi dan kontribusi unik terhadap pengembangan teknologi informasi di Indonesia, dengan memanfaatkan pengalaman panjang universitas dalam mengelola program-program yang berbasis sumber daya alam mulai dari kehutanan, pertambangan, hingga teknologi lingkungan.

Selama lebih dari 60 tahun berdiri, Universitas Mulawarman telah membangun tradisi akademik yang kuat dengan semangat kepeloporan dalam pengembangan pendidikan tinggi di Kalimantan Timur, menjadi motor penggerak pembangunan sumber daya manusia dengan jumlah mahasiswa mencapai lebih dari 37.000 orang. Universitas ini telah menghasilkan lulusan yang tersebar di berbagai sektor pembangunan di wilayah Kalimantan Timur dan sekitarnya.

Budaya akademik yang dikembangkan menekankan pada integrasi antara keunggulan akademik dengan kepedulian terhadap lingkungan dan kearifan lokal, menjadi landasan kuat bagi pengembangan Program Studi Magister Informatika. Tradisi ini tercermin dalam komitmen universitas untuk menghasilkan lulusan yang tidak hanya unggul secara teknologi tetapi juga memiliki kepedulian terhadap kelestarian lingkungan dan pembangunan berkelanjutan.